Stellenausschreibungen

Naturwissenschaftliche/r Masterstudent/in gesucht (Biologie, Biotechnologie, Molekularbiologie)

Ausschreibung für eine Masterarbeit in Biologie, Biotechnologie, Molekularbiologie oder vergleichbaren naturwissenschaftlichen Fachgebieten

Thema: Mutagenese und Untersuchung der veränderten Substratspektren von SHV-β-Laktamasen.

Ort: Universitätsklinikum Jena, Forschungszentren Haus F2, Zentrum für Infektionsmedizin und Krankenhaushygiene, Am Klinikum 1, Lobeda Ost

Ansprechspartner: Dr. Oliwia Makarewicz

Ziel der Masterarbeit:
Der /die Masterstudent/in soll die Möglichkeit bekommen, an einem Teilprojekt des ForschungsCampus "InfectoGnostics" teilzunehmen. Übergeordnetes Ziel des Teilprojektes ist die Erarbeitung eines Schnelltestes zum Nachweis von β-Laktamasen aus Gram-negativen Bakterien.

Die β-Laktamasen sind eine sehr große Familien von hydrolytischen Enzymen, die teilweise nicht miteinander verwandt sind, die jedoch alle in der Lage sind den β-Laktamring zu spalten. In diesem Zusammenhang spielen die Extended-Spektrum Beta-Laktamasen (ESBL) eine zentrale Rolle, dass sie zu Resistenzen gegenüber den empirisch eingesetzten Cephalosporinen führen und so zum Therapieversagen. Da ESBLs eine dynamische Evolution und Ausbreitung zeigen und deren Substratspektrum (Resistenztyp) sich teilweise nur durch Punktmutationen verändert, stoßen konventionelle molekulare Nachweismethoden (PCR, Microarray) an ihre Grenzen. Die Aufgabe des/der Studenten/Studentin besteht darin durch s.g. Site-Directed Mutagenese die Basenaustausche in der SHV b -Lactamase vorzunehmen und so eine Mutanten-Bibliothek zu erstellen, die dann dazu genutzt wird, die Phänotypen zu bestimmen und einen FRET-basierten Nachweis der Substitutionen zu entwickeln.

Sie sollten bereits über Laborerfahrung verfügen und in der Lage sein präzise zu pipettieren, selbständig Puffer und Lösungen herzustellen, Massen, Konzentrationen etc. auszurechnen. Sie sollten auch Kenntnisse in Office Programmen mitbringen.

Diese Methoden werden im Projekt angewandt: Primerdesign, Site-Directed Mutagenese, bakterielle Kulturen, Klonieren, Transformation von E. coli, Resistenztestung, Förster Resonanzenergietransfer (FRET), Auswertung der Daten mittels Excel, PrismGraphPad und CLC Workbanch, Bearbeitung der Bilder mittels Corel Draw, Protokollieren/ Darstellung der Ergebnisse mittels Word und PowerPoint.

Bewerbungsunterlagen senden Sie bitte an Dr. Makarewicz: oliwia.makarewicz@med.uni-jena.de.

Wir freuen uns über Ihre Bewerbung. Um mehr über uns zu erfahren, besuchen Sie auch die Website der Uniklinik.

PhD position at bioMérieux/ND4ID

Comparative genomics and transcriptional profiles of multi-drug resistant Enterobacteriaceae and Acinetobacters

ESR15 project proposal/PhD thesis within ND4ID

Contact:
sonia.chatellier@biomerieux.com
alex.vanbelkum@biomerieux.com

Objectives:

The project aims to better understand antimicrobial resistance mechanisms through genomic and transcriptomic studies. The ultimate goal is to design new molecular and phenotypic tests for rapid and accurate detection of emerging mechanisms of resistance to "old" revisited drugs such as colistin.

Aim #1

  • Assessment of adaptive changes in presence or absence of various molecules such as selected drugs, new anti-microbial compounds and anti-biofilm compounds
    • Comparison at the genome level: identification of SNP, mobile elements, genes involved in the changes
    • Identification of metabolic pathways potentially involved through transcriptome analyses and possibly metabolomics
    • Detection of adaptive changes by phenotypic methods: testing of new substrates, modification of existing culture media

Aim #2

  • Design of new diagnostic tests for AMR detection:
    • Molecular-based tests (multiplex PCR, Argene tests...) for rapid and accurate detection of new plasmid- or chromosome-mediated AMR
    • New phenotypic-based tests

Bacterial isolates

  • Species of interest: at least Escherichia coli, Klebsiella spp
  • Origin of isolates: samples from human, environmental , food and animal sources
  • Access to isolates: bioMérieux strain collection, European network through the team at University of Antwerp and PREPARE/COMPARE networks, FDA-CDC Antimicrobial Resistance Isolate Bank
  • Initial focus on mcr-1 gene that confers a plasmid-mediated resistance to colistin frequently used as one of last-resort antibiotics

Main tasks

  • Create curated genome database including plasmid content
  • Perform genome sequencing, RNAseq experiments, phenotypic antibiotic susceptibility testing of representative strains,
  • Design and validate a streamlined and user-friendly sequencing bioinformatic pipeline,
  • Perform transcriptomic studies in absence / presence of relevant antibiotics or other compounds in different concentrations and combinations
  • Identify / describe / confirm genes associated to resistance for the design of new molecular AMR tests.

Deliverables

  • Assembly of relevant panels of strains through internal and external sourcing
  • Easy-to-use bioinformatics interfaces for genomic and transcriptomic analyses by microbiologists
  • User-friendly set of bioinformatics tools to rapidly access, visualize and combine information from genomic and phenotypic sources into a unique platform and conduct relevant analyses
  • Proof-of-concept on new phenotypic and molecular AMR diagnosis tests
  • Performance evaluation of new AMR tests in clinical microbiology laboratory settings
  • Publications

Specific profile requirements

  • Master degree in Microbiology
  • Knowledge in bioinformatics
  • Willingness to perform microbiology lab work and bioinformatics analyses
  • Excellent interpersonal skills and ability to work with different units and departments within the organization

Main Research at:

bioMérieux, Innovation Unit - Biology Research Department, 38390 La Balme Les Grottes, France