Termine

DiagnosTech Lecture: Metagenomische Abenteuer mit Nanopore-Sequenzierung

Gärungsprozesse spielen schon lange eine wichtige Rolle bei der Energiegewinnung durch nachwachsende Rohstoffe. Die meisten der hierfür nötigen Mikroorganismen sind bislang allerdings noch immer unbekannt oder nicht kultivierbar. Fortschritte bei den Sequenzierungsmethoden auf Basis von Nanoporen könnte jedoch Abhilfe schaffen, indem sie das Monitoring mikrobieller Gemeinschaften durch metagenomische Ansätze ermöglichen.

Die Analyse der dabei generierten Datensätze und der Aufbau einer verlässlichen Sequenzierungs-Pipeline stellt Forscher jedoch noch immer vor einigen Herausforderungen. In dem Vortrag stellt Dr. Christian Brandt (Universitätsklinikum Jena, UKJ) deshalb neue Forschungsansätze aus dem Bereich der anwendungsnahen Metagenomik vor. So hat er beispielsweise an der Swedish University of Agricultural Sciences ein verlässliches Protokoll zur metagenomischen DNA Isolation für Nanopore-Sequenzierung etabliert und verschiedene bioinformatische Pipelines für Cloud Computing. Damit wurden Proben aus 20 verschiedenen Biogas- und Abwasser-Anlagen untersucht, für die Charakterisierung der mikrobiellen Gemeinschaft von Bakterien und Archaeen.

Die Veranstaltung findet in Kooperation mit dem Center for Sepsis Control and Care (CSCC) statt.

Ort: Zentrum für Angewandte Forschung, Philosophenweg 7, Jena

Referent: Dr. Christian Brandt (UKJ, EVBC)