Referentin: Mara Lohde (CaSe Group, Institut für Infektionsmedizin und Krankenhaushygiene, Universitätsklinikum Jena)
Ort: Zentrum für angewandte Forschung (ZAF), Philosophenweg 7, 07743 Jena (und online als Hybridveranstaltung).
Vortragssprache: Englisch
Long-Read-Sequenzierungstechnologien wie Oxford Nanopore Technologies (ONT) und PacBio ermöglichen die zuverlässige Assemblierung von Plasmiden und Genomen. Aber wie funktioniert ONT heutzutage bei der Untersuchung von bakteriellen Ausbrüchen, bei denen es vor allem auf Genauigkeit ankommt? Bei der Untersuchung eines drei Jahre andauernden Ausbruchs von Klebsiella pneumoniae mit der neuesten ONT-Chemie entdeckten wir methylierungsbedingte Fehler, die dazu führten, dass Stämme, die mit dem Ausbruch in Verbindung standen, in cgMLST- und phylogenetischen Analysen falsch ausgeschlossen wurden.
Diese Fehler erstrecken sich auch auf andere Spezies, was wir durch eine weitere große multizentrische Studie bestätigen konnten. Durch neue Fortschritte in der Wissenschaft und unsere Lösungen können diese methylierungsbedingten Fehler jedoch durch sorgfältige Anwendung zusätzlicher bioinformatischer Maßnahmen behoben werden.